L'histoire de New York débuta au XVIe siècle, avec l'arrivée des premiers européens. Lorsque le navigateur Giovanni da Verrazano, envoyé explorer le Nouveau Monde au nom de la France passa au large de la baie de New York en 1524, l'île de « Manhatta » était peuplée d'amérindiens Lenapes. Sans y faire escale, Verrazano baptisa la région « Nouvelle Angoulême ». En 1609 c'est le navigateur britannique Henry Hudson qui explora pour la première fois, au nom de la Compagnie des Indes occidentales la baie de New York, et le fleuve qui fut baptisé en sa mémoire, l'Hudson River.
L'installation de colons européens débuta avec la fondation d'une colonie de commerce de fourrures par les hollandais au sud de l'actuelle île de Manhattan. C'est ainsi que la « Nouvelle Amsterdam » (Nieuw Amsterdam) fut créée en 1614. Quelques années plus tard, en 1626, le directeur de la colonie Peter Minuit acheta l'île de Manhattan à ses occupants, les Manhattes pour la somme dérisoire de 60 florins (24 $) de verroterie et autres colifichets. Le 11 mai 1647, Pieter Stuyvesant fut nommé gouverneur de la colonie pour donner une nouvelle chance à l'expérience coloniale de la Nouvelle Amsterdam, dont les relations commerciales avec les autochtones s'étaient dégradées. Stuyvesant prôna une orthodoxie religieuse pour rétablir l'ordre dans sa colonie, en imposant des restrictions sur les mouvements et sur la consommation d'alcool, mais dans un climat très tendu, il n'obtint que la haine des habitants de sa colonie, alors que les anglais devenaient de plus en plus pressants. En mars 1664, le roi Charles II d'Angleterre offrit virtuellement la totalité de la Nouvelle Amsterdam à son frère, le Duc d'York. Les anglais conquirent ainsi la colonie au cours de la même année, et un nouveau chapitre de l'histoire de la ville débuta, suite à l'échec des hollandais.
La Nouvelle Amsterdam fut rebaptisée New York en l'honneur de Jacques II d'Angleterre, Duc d'York qui avait acquis le territoire de son frère. Le colonel Richard Nicolls devint ainsi le premier gouverneur britannique de la ville de New York. Cependant, en guerre contre les français, les anglais furent contraints de céder leur colonie nouvellement acquise aux Provinces-Unies, qui la rebaptisèrent New Orange en 1673, avant de la récupérer suite à un traité conclu entre les deux pays en 1674 suite à la Troisième Guerre anglo-néerlandaise. Sous la domination anglaise, New York perdit son rôle de comptoir commercial pour devenir une ville à part entière. En 1754, l'Université Columbia fut fondée dans le quartier de Lower Manhattan sous le nom de King's College grâce à une charte accordée par le roi George II.
La présence des troupes britanniques dans la ville irrita progressivement les New-Yorkais, dont la colère fut amplifiée par deux lois commerciales votées par le parlement britannique: le Sugar Act en 1764 puis le Stamp Act en 1765. Pour contrer ces mesures discriminatoires pour les treize colonies du continent, le Stamp Act Congress fut tenu à New York le 7 octobre 1765, et les Fils de la Liberté commencèrent à se manifester. La révocation du Stamp Act apaisa provisoirement les relations en 1666, mais les Townshend Acts de 1667 donna lieu à des affrontements entre les civils et les soldats. Les incidents de la Boston Tea Party en décembre 1773 inspirèrent New York qui connut sa propre Tea Party le 22 avril 1774. Les tensions s'apaisèrent provisoirement pendant quelques années, mais la menace de George Washington de couper les liens entre New York et les autres colonies en cas de domination britannique conduisit la ville dans la guerre d'indépendance, au même titre que le reste des futurs États-Unis.
New York représentait un enjeu majeur dans la guerre d'indépendance étant donné son importance pour le royaume britannique. George Washington apporta ainsi son soutien à la ville dès 1776, notamment en y apportant la déclaration d'indépendance pour encourager ses hommes. Cependant, les troupes américaines, trop peu nombreuses face à celles de l'armée britannique dirigée par William Howe furent progressivement repoussées entre août et octobre, ce qui poussa Washington à se retirer le 16 octobre. New York tomba ainsi aux mains des britanniques, et ce durant la totalité du conflit, c'est à dire de 1776 à 1783. En effet, ce n'est que lors de la signature du traité de Paris, mettant fin au conflit le 3 septembre 1783 que l'indépendance de la ville fut acquise, en même temps que celle du pays. Washington retourna ainsi victorieux à New York le 4 décembre. Ce même George Washington fut investi Président des États-Unis au Federal Hall en 1789, alors que New York était la capitale du pays.
En dépit de la perte de son rôle de capitale fédérale, et de capitale de l'État de New York[8], la ville de New York connut une croissance exponentielle entre 1790 et 1820, en voyant sa population passer de 33 000 à 123 706 habitants[9]. Elle devint ainsi la plus grande ville du pays. La ville fut également dynamisée par l'arrivée d'immigrés au début du XIXe siècle, ainsi que par l'application du Commissioners' Plan de 1811 qui définisait un système routier traversant la totalité de l'île de Manhattan. L'essor du New York Stock Exchange puis l'ouverture du Canal Érié en 1819, sous le mandat de DeWitt Clinton affirma la domination du port de New York, et fit de la ville la première place commerciale des États-Unis. Le contexte favorable amena l'aristocratie et les riches marchands de la ville à exiger la construction d'un grand espace vert; c'est dans ce contexte que les travaux de construction de Central Park débutèrent en 1857.
Seule la Guerre de Sécession qui eut lieu entre 1861 et 1865 vint émailler la prospérité de la ville. Les habitants de la ville, pour la plupart des commerçants, ne désiraient pas se lancer dans le conflit, étant donné qu'ils entretenaient des relations commerciales avec les États confédérés d'Amérique[9]. Mais lorsque le président Abraham Lincoln instaura la première conscription pendant l'été 1883, les New-Yorkais réagirent dans la violence, durant les Draft Riots qui restèrent l'un des épisodes les plus violents dans l'histoire du pays, avec 105 civils tués.
L'essor de la ville reprit immédiatement après la fin de la guerre civile, en dépit de la mainmise du Tammany Hall sur les institutions politique de la ville. Le domaine des arts connut un véritbale développement à la fin du XIXe siècle, avec la création du Metropolitan Museum of Art, du Carnegie Hall, ou encore du New York Botanical Garden. L'inauguration de la Statue de la Liberté en 1886 fit de New York un symbole de la liberté pour les millions d'immigrés en provenance d'Europe; en effet, sur 23 millions d'européens arrivés aux États-Unis entre 1880 et 1919, 17 millions environ ont débarqué à New York, et la plupart y sont restés.
Le XXe siècle marqua véritablement l'ascension de New York vers le rôle de ville monde, en ce sens que la ville devient un centre culturel, décisionnel et financier de premier plan. L'extraordinaire aventure architecturale débutée à la fin du XIXe siècle a posé la première pierre du développement de l'architecture moderne, avec notamment le début de l'ère des gratte-ciels, qui fleurissent aujourd'hui littéralement dans toutes les grandes villes américaines. Dans le domaine politique et économique, la domination de New York s'est manifestée avec la Bourse et l'essor de Wall Street, ainsi qu'avec les grandes entreprises financières basées dans la ville. L'obtention du siège de l'ONU en 1949 a également joué un rôle déterminant dans le développement de Big Apple.
Mais l'histoire moderne de la ville a également été marquée par les attentats du 11 septembre 2001, qui ont tout autant frappée la ville de New York que les États-Unis, pour la première fois attaqués sur leur territoire. La destruction des tours jumelles du World Trade Center, ainsi que de nombreux bâtiments environnants reste un épisode traumatisant pour les habitants de la ville, toutefois, la ville a depuis retrouvé sa prospérité d'avant crise.
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